OBJECTIF

• Être capable de tester des hypothèses et d’ajuster des modèles permettant de comprendre l’évolution à l’échelle moléculaire

PUBLICS

Chercheurs et ingénieurs
Afin d’adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l’inscription.

PRÉREQUIS

• Familiarité avec les principales lignes de commande dans des environnements de travail de type Linux
• Maîtriser les notions de base en statistiques et probabilités
• La maîtrise d’un langage de programmation est préférable
• Avoir des notions de phylogénie moléculaire
• Avoir suivi le stage « Phylogénie moléculaire – Cycle 1 » ou niveau équivalent

PROGRAMME

• Rappels sur les principaux tests statistiques, la comparaison de modèles, le principe du bootstrap
• Phylogénomique : analyse de jeux de données multi-gènes
• Détection de la sélection darwinienne au sein de séquences codantes
• Analyse de données de méta-génomique, placement phylogénétique
• Phylodynamique : combiner épidémiologie et évolution
• Datation moléculaire : intégrer fossiles et molécules
• Combiner données génétiques et géographiques : phylogéographie bayésienne
• Visualisation de l’information en phylogénie

Programme détaillé téléchargeable ICI.
Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

• Alternance de cours (9 h) et de TD / TP (9 h)
• TP encadrés par 2 intervenants

Tout au long de la formation, des exercices corrigés permettront au stagiaire d’évaluer son acquisition des connaissances. Un fichier au format PDF sera mis à disposition du stagiaire.

A L’ISSUE DE LA FORMATION

• Evaluation de la formation par les stagiaires
• Envoi d’une attestation de formation.