OBJECTIF

• Savoir inférer un arbre phylogénétique et l’interpréter

PUBLICS

Chercheurs et ingénieurs
Afin d’adapter le contenu du stage aux attentes des stagiaires, un questionnaire téléchargeable ICI devra être complété et renvoyé au moment de l’inscription.

PRÉREQUIS

• Savoir ce à quoi correspondent des séquences génétiques homologues
• Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique
• Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d’estimation de paramètres)
• Avoir des notions de programmation

PROGRAMME

• Lignes de commandes Linux
• Le format Newick
• Dessin d’arbres
• Alignements multiples et nettoyage
• Modèles d’évolution
• Choix de modèles
• Définitions et propriétés des arbres
• Méthodes de parcimonie
• Méthodes de distance
• Maximum de vraisemblance
• Reconstruction phylogénétique bayésienne
• Bootstraps et autres supports de branches

Programme détaillé téléchargeable ICI.
Ce programme pourra être ajusté en fonction du profil des participants.

EQUIPEMENT

Un ordinateur sera mis à disposition de chaque stagiaire.

MÉTHODES PÉDAGOGIQUES

• Alternance de cours (10 h) et de TD / TP (7,5 h)
• TP encadrés par 2 intervenants

Tout au long de la formation, des exercices corrigés permettront au stagiaire d’évaluer son acquisition des connaissances. Un fichier au format PDF sera mis à disposition du stagiaire.

A L’ISSUE DE LA FORMATION

• Evaluation de la formation par les stagiaires
• Envoi d’une attestation de formation.